При сворачивании окна приложений располагаются в правой секции панели Dock в том порядке, в котором они были свернуты. Но если для вас важно взаимное расположение значков окон на «Доке», вы можете их запросто переставить простым перетаскиванием влево или вправо — даже смешивая свернутые окна со стеками и ярлыками.
ну и вообще можно сделать свертывание в пиктограмму программы, только если это не справка, помоему это в системных настройках появилось только в SN.